От поселка Кош-Агач до слияния с рекой Чаган-Узун Чуя течет, разбиваясь на массу проток, в низких берегах, заросших кустарником и облепихой.

Затем река Чуя резко меняет свой нрав: становится полноводнее, возрастает скорость течения, берега сужаются. На протяжении 45 км до моста, ведущего к альплагерю Актру и одноименному леднику, почти непрерывно идут пороги, шиверы и перекаты, средний уклон Чуи 4,6 метра на километр, вдоль реки вьется Чуйский тракт. Этот участок реки носит название Горной Чуи.

В районе села Курай река Чуя входит в Курайскую степь и вновь разбивается на протоки. У отметки 457 км находится плотина Чуйской ГЭС, после которой река вновь становится бурной и стремительной. Ниже этого места расположен Мажойский каскад – сложнейшая часть водных маршрутов по реке Чуе.

Мажой – это 20-километровое угрюмое ущелье, вверху которого снег лежит даже летом. Ущелье имеет каньонообразный характер, в нижней части переходит в каньон с обрывистыми стенками высотой 100 – 150 м.

река Чуя ревет мощнейшим потоком, продираясь через частокол камней, вспениваясь валами высотой до 4-х м и падая в водопадные сливы. Мажойский каскад начинается сразу за устьем левого притока Чуи реки Мажой. В долине реки Чуи расположено урочище Калбак-Таш, известное рисунками древних людей, высеченными на скалах.

В нескольких километрах от села Иня, река Чуя впадает в Катунь. На горе, расположенной неподалеку есть площадка, к которой можно подъехать прямо на автомобиле и откуда открывается незабываемый вид: 2 мощные горные реки встречаются друг с другом и текут далее по одному руслу. Но еще далеко ниже по течению видна их граница: мутно-белая вода Чуи сильно отличается от изумрудной воды Катуни. Так и текут они какое-то время не смешиваясь – по одному руслу, но каждая по своей стороне.

Нетронутая природа, необычное сочетание гор с сибирской тайгой, близость вершин и ледников привлекают в этот район  все больше туристов. Здесь предоставляется возможность проверить себя на прочность, попробовав покорить стихию. Спортивная, динамичная Чуя, петляющая между множеством камней, то и дело превращающаяся в стремительный поток воды, ниспадающий водопадами и закручивающийся мощными бочками. Ежегодно на реке проводятся всероссийские соревнования по водному туризму.

Интересный в спортивном плане отрезок реки расположен в месте, где Чуя сжата отрогами Курайского и Северо-Чуйского хребтов. На этом участке встречается целая серия сложных и привлекательных для рафтинга порогов. Это цепь порогов Менский каскад, протяженностью примерно 1,5 км, через 2,5 км после них следует Мажойский каскад. Далее по течению идут пороги 4-ой и 5-ой категории сложности. Сплавы по реке Чуя очень активны и даже экстремальны. Ежегодно здесь проводятся разнообразные соревнования по водному туризму. Сплав по реке Чуе предназначен для любителей острых ощущений.