Принято считать, что на озере два господствующих ветра. С севера к Телецкому озеру устремляются воздушные массы из Западно-Сибирской равнины, именуемые здесь "низовкой" Двигаясь вверх по долине Оби и, попадая в узкий коридор долины реки Бии, низовой ветер, зачастую страшным шквалом, вырывается на простор озера. Предвидеть приближение такого ветра можно. Вначале на северо-западе появляется иссиня-черная туча, которая, медленно выползая из-за гор, как-то незаметно покрывает небосвод. На фоне тучи мечутся то, появляясь, то, исчезая белые разрывные облачка. Пока стоит тишина и все замирает. И вот уже слышится шум, вдали на поверхности озера появляется темная полоса. Шум нарастает и ветер со страшной силой начинает делать свое дело. В считанные минуты поднимаются огромные волны, ветер срывает воду с гребней волн и, раздробив ее, гонит над поверхностью озера облака водяной пыли. Следом движется ливень, который обрушившись на озеро, успокаивает волнение. Все это длится 30-40 минут, после чего наступает относительное спокойствие. Всем мелким судам следует уходить в ближайшую бухту и укрыться от ветра и волнения.
Долиной реки Чулышман открывается доступ воздушник массам с юга, которые называют "верховкой". Южные ветры приносят хорошую погоду, северные - холод и осадки. В осенне-зимний период преобладают южные ветры, особенно в ноябре-январе. На прямом южном плесе разыгрываются волны, достигающие высоты трех и более метров. Верховой ветер, двигаясь с огромной скоростью по простору южного плеса, на повороте озера подхватывается мощной струTй ветра, дующего из Камгинского залива, как бы закручивает его и здесь, на переломе долины, ветер, взвихряя водяную пыль, образует смерчи до десяти и более метров. В зимнее время из поселка Яйлю хорошо видны столбы водяной пыли, движущиеся по поверхности озера. В летнее время при устойчивой хорошей погоде в первой половине дня дует слабая "верховка", обычно затихающая к 11-12 часам дня. Наступает период штилевой погоды на 1 -1,5 часа, затем начинает тянуть ветер снизу сильнее, и к вечеру разыгрываются довольно высокие волны. Обычно в вечернее время из боковых ущелий и долин дуют местные ветры - фены, подчас довольно резкие, причем из какой долины дует, так его и называют.