Разнообразие природных ландшафтов, богатство растительного мира определяет и богатую фауну. Благодаря влиянию государственного заповедника здесь всюду наблюдается довольно высокая плотность различных животных. Около 70 видов млекопитающих, более 300 видов птиц и около 10 видов пресмыкающихся и земноводных обитает в этих, пока еще мало тронутых местах.
Практически весь бассейн озера заселен медведем.
Это крупное, на вид неуклюжее, косолапое, но очень подвижное животное обладает большой силой, и не зря его называют хозяином тайги. Вес отдельных экземпляров достигает 350 и более килограммов. Медведь - всеядное животное, и к моменту залегания в берлогу набирает большое количество жира, благодаря которому проводит в спячке долгую суровую зиму. Медвежата появляются на свет ближе к весне совершенно беспомощные, около 400 граммов веса, а к выходу из берлоги в начале апреля уже довольно самостоятельные. Здесь, в долине Телецкого озера, на склонах, обращенных к озеру, медведи устраивают берлоги в многочисленных пещерах и нишах и проводят долгую зиму. Медведь является прекрасным объектом охоты, и при строгом соблюдении правил и сроков ее запасы этого крупного животного не иссякнут.
Крупные хищные животные представлены такими видами, как росомаха, рысь, волк. Последнего довольно много в южной части озера и в долине Чулышмана.
Рысь - украшение нашей тайги. Этот крупный хищник семейства кошачьих немногочисленен, хотя заселяет большую часть бассейна озера.
Росомаха также немногочисленна. По форме она напоминает маленького медведя. Обитает в глухих, труднодоступных местах, ведет скрытный образ жизни, и биология этого интересного животного изучена слабо.
Тайга надежно укрывает и кормит различных пушных животных. Здесь обитают соболь, белка, колонок, заяц-беляк, ближе к рыбным речкам и берегу озера держатся выдра и норка.Почти везде в прибрежной полосе живет алтайский барсук. Значительное место в промысле занимают соболь и белка. До организации заповедника считалось, что соболь здесь полностью уничтожен, но уцелевшие несколько зверьков в труднодоступных местах размножились и со временем заселили все подходящие места бассейна озера. К концу прошлого века соболя на Алтае добывали довольно много. В 1896 году в Горном Алтае было добыто свыше четырех тысяч штук. Норка американская - сравнительно молодой зверек на Алтае. Она была выпущена в 1937 году в среднем течении реки Сара-Кокша (левый приток реки Бии), акклиматизировалась и давно уже стала обычным объектом охоты. В небольшом количестве в камгинском заливе, в дельте речек Камга и Большой Мионок обитает ондатра. Это - пришлый зверек. Ондатры на Алтае вообще не было. В 1937 году первая партия ондатр была выпущена на территории края, в том числе и на реке Лебедь, откуда проникла на Телецкое озеро и небольшой группой поселилась в Камгинском заливе. В урожайные годы кедрового ореха появляется масса белок, которые довольно плотно заселяют весь бассейн озера, исключая только массивы тундры. При организации охотничьего туризма эти животные могут быть постоянными объектами охоты. Высоко в горах встречаются колонии сурков, которые пронзительным свистом выдают место своего обитания. И, наконец, бурундук. Эти красивые, желтого цвета, с черными полосками на спине зверьки многочисленны по всей таежной части бассейна озера.Человека на боятся, шныряют буквально везде, украшая и оживляя суровую горную тайгу. Парнокопытные представлены восемью видами. Это - лось, марал, северный олень, сибирская косуля, сибирский горный козел, горный баран, кабарга и кабан. Особый интерес представляют марал, кабарга и кабан. Марал - это крупный красивый олень, разновидность благородного оленя. По росту и весу среди оленей уступает только лосю. Марал является носителем пантов - ценнейшего лекарственного сырья. Каждую весну маралы, как и все олени, сбрасывают старые рога, и почти сразу начинается рост молодых. Поначалу это наполненные кровью и покрытые бархатистой кожей хрящевидные образования, которые называют пантами. Панты используются в медицине для изготовления тонизирующих препаратов. С давних времен крестьяне Алтая пытались отлавливать маралов с целью содержания их в неволе, где панты спиливали, сохраняя животное. Известный путешественник и исследователь Алтая Г. Н. Потанин отмечает, что первыми на Бухтарме и Алтае завели маральи фермы крестьяне Семен Лубягин (примерно в 1825 году) и спустя 5-6 лет семья Ошлыкова и братья Родион и Афанасий Черновы. В Горном Алтае в специализированных оленеводческих хозяйствах содержат свыше десяти тысяч маралов и пятнистых оленей, завезенных сюда с Дальнего Востока с целью получения пантов. Во время брачного периода в сентябре в долинах рек бассейна озера можно подолгу слушать протяжные с переливами, необыкновенно красивые и в то же время тоскливые песни маралов-рогачей, призывающих самок. В отличие от марала, кабарга - олень самый маленький из обитающих на территории нашей страны и единственный, не имеющий рогов. Максимальный вес его не более 15-17 килограммов. Самцы вооружены красивыми сахарно-белыми клыками, длина которых доходит до десяти сантиметров. Кабарга живет в темнохвойной тайге, в буреломе, в труднодоступных местах, где укрывается от многочисленных врагов. Это - изумительный прыгун, не имеющий себе равных. Спасаясь от преследования, кабарга, совершая огромные прыжки, резко меняя направление, может вскочить на крохотный выступ скалы, на который поставит все свои четыре изящные ножки, и там подолгу оставаться недосягаемой для врага. Охотники такие места называют отстойниками. Но самое интересное в биологии кабарги то, что самцы в области живота имеют пахучую железу с приятным запахом мускуса, которая используется в медицине, а сравнительно недавно употреблялась и в парфюмерной промышленности для изготовления высококачественных духов.
Кабан на Алтае появился примерно в середине семидесятых годов без вмешательства человека, вначале эпизодически то появлялся, то вновь исчезал, но постепенно освоился и стал довольно быстро заселять прителецкий район. В давние времена кабана на Алтае было довольно много, но к концу прошлого века он исчез полностью. Можно предположить, что со временем кабаны заселят все подходящие для обитания места и станут постоянным объектом охоты.
В скалистой долине Чулышмана обитают горные козлы, или, как их называют здесь, буны. До сравнительно недавнего времени горных козлов было довольно много, и они заселяли почти все правобережье Телецкого озера до мыса Ажи включительно. Как рассказывают старожилы, в начале двадцатых годов был "мор", в результате которого горные козлы погибли. Отдельные экземпляры еще встречали в начале сороковых годов, в скалах мыса Айран, но и они исчезли. Специалисты считают, что погибли горные козлы от чесотки. Горных баранов практически остались единицы. Главные причины резкого сокращения - заметное увеличение овец и коз, которые выедают горные пастбища, и бесконтрольная охота в сравнительно недавние времена. Интересно отметить, что в последние годы прошлого века на юге Алтая охотился потомок известного уральского заводчика, основателя медеплавильного завода на Алтае, проживающий в 'Италии Демидов - князь Сан-Донато. Главная цель охоты - добыча рогов для личной коллекции. За короткий промежуток времени ему и его товарищу удалось без особого труда добыть пятьдесят два барана. От убитых баранов брали только череп с рогами и наиболее красивые шкуры. Туши в основном бросались. Общий вес рогов с черепами составил сорок шесть пудов. В результате этой поездки им была издана книга "В Алтайские горы за дикими козами".
Сибирская косуля довольно равномерно встречается в прибрежной части озера, но больше всего на склонах и в горах правого берега южной части озера. Самый крупный представитель семейства оленей - лось, заселяет многие места бассейна озера.
Пернатый мир, как говорилось выше, представлен примерно 300 видами птиц. Из промысловых это - глухарь, рябчик, в горной тундре довольно много тундряной куропатки . В горах обитает редкая сейчас птица - улар - горная индейка. Самый крупный представитель пернатого мира - глухарь -заселяет все таежные массивы бассейна озера, являясь украшением тайги. Везде по склонам гор долины озера и в кедровой тайге располагаются глухариные тока, где собираются весной эти крупные красивые птицы, чтоб в самом начале утреннего рассвета петь свои брачные песни. Из оседлых птиц необходимо сказать о замечательной птице кедровке (семейства вороновых). Это - единственная птица, которая в урожайные годы кедрового ореха неутомимо занимается его сбором, причем выбирает орешки самого высокого качества и, наполнив ими зоб, тут же в тайге, на гарях и других местах закапывает в лесную подстилку, создавая запасы питания на зиму, чем способствует постоянному возобновлению кедра. Никто не может сравниться с ней в посадке кедра. Массу разнообразных мелких птиц можно наблюдать повсюду в прибрежной полосе озера. Водоплавающих птиц, гнездящихся на озере, немного, но весной и осенью оно оглашается криками пролетных водопла-километров от истока не замерзает, и в южной части озера в течение всей зимы держатся табунки нырковых уток. Интересно, что в верховьях Чулышмана, на озере Джулуколь, на небольших каменных островках устраивает гнезда большое количество чаек и бакланов. Массы этих птиц буквально скрывают камни. Гнездятся здесь утки разных видов, гуси и лебеди. Гомон стоит от множества птиц. Это - единственное место в Горном Алтае, где собирается такое количество водоплавающих и других видов птиц, тяготеющих к рыбным водоемам. На Телецком озере в дельте реки Чулышман и в Камгинском заливе неоднократно отмечались случайные залеты таких не характерных для Сибири птиц, как розовый фламинго и колпица. Известный орнитолог Г. Э. Иоганзен, путешествуя в самом начале нашего века по восточному Алтаю, наблюдал розового фламинго в дельте реки Чулышман. В 1951 году Т.Г.Дулькейт этих строк глубокой осенью подобрал в Камгинском заливе погибающего фламинго, который уже в теплой квартире погиб. Пресмыкающиеся в бассейне озера, особенно в его южной части и долине реки Чулышмана представлены следующими видами: гадюка серая и черная, небольшая змейка огневка, полоз узорчатый и щитомордник промежуточный - ближайший родственник американской гремучей змеи. Многочисленна только гадюка, все остальные виды встречаются крайне редко. Змеи, обитающие в бассейне озера, сами на человека не нападают, и трогать их не следует. Ядовиты только гадюка и щитомордник, остальные никакой опасности не представляют.