Река берет начало в Аккемском леднике (леднике Родзевича). В верхнем течении прокладывает дорогу среди крупных валунов, затем по крутому каменистому руслу спускается на ровную галечниковую площадку, где разбивается на несколько рукавов. Площадка окаймлена валом морены, перед которым иногда образуется небольшое озеро (Верхнее Аккемское озеро).

Ниже озера, справа, в Аккем впадает река Караоюк. За моренами река входит в расширение долины, принимает слева приток Акоюк, разбивается на рукава и переходит в Аккемское озеро. Из озера, сужающегося к северному краю, вытекает широким перекатом и далее прокладывает дорогу в широкой заросшей долине. Через 1 км справа впадает река Ярлу, через 10 км — река. От устья Текелю долина Аккема становится уже, крутизна берегов возрастает, река надолго погружается в узкий скалистый провал. Только от устья Араскана, впадающего справа, долина вновь становится шире, появляются невысокие террасы.