На правобережье реки Чулышман наиболее обследованными являются озера бассейнов рек Чульчи и Шавлы.

В бассейне реки Чулчи наиболее крупными озерами являются Итыкуль, Узункуль, Сайгоныш.

Озеро Узункуль располагается в верховьях долины реки Кумый, с северо-востока впадающего в озеро Итыыкуль. Озеро расположено на абсолютной высоте 2008 м. Длина озера 5,4 км, максимальная ширина 1 км. Озеро состоит из двух разливов, соединенных 200 - метровой протокой.

Озеро Итыкуль (или Нижний Итыкуль) располагается в верхней части долины реки Чульчи на абсолютной высоте около 1675 м. Длина озера около 10,5 км, максимальная ширина 1 км. Имеет неправильную вытянутую форму, причем, перехватами береговой линии и по рельефу дна разбивается на три плеса. На глубине отмечается красновато-коричневый ил. Вода желтовато-зеленого цвета. Прозрачность до 5,5 м.

Озеро Верхнее Арысоек расположено на высоте 1473 м, в нескольких километрах от реки Чульча. Длина озера 780 м, площадь 0,11 кв. км. Вода буроватого цвета. Температура воды на поверхности летом 20°С.

Озеро Нижнее Сайгоныш лежит в лесной зоне на высоте 1627 м и имеет длину 250 м. От уреза воды грунт песчано-каменистый, глубже идет торфяной ил. Вода желтоватого цвета.

Озеро Большой Сайгоныш располагается в верховьях реки Камырсхалу, вытекающей из него в 10 км от реки Чульчи. Длина озера 1575 м, площадь 0,94 кв. км. Восточный берег близ уреза воды имеет каменисто-песчаный грунт, северный - сложен из крупнозернистого песка, но местами к самой воде подходит торфяник. Цвет воды желтоватый. Прозрачность 1 м.

Множество озер сосредоточены на склонах горного массива Куркуребажи (3110 м). Однако они практически не изучены.

Река Шавла является правым притоком реки Чулышман и имеет почти широтное направление, образуясь от слияния рек Онгураш и Кызыл-кочко, в системе которых лежат ряд крупных озер.В нижнем течении реки Шавлы справа в нее впадает крупный приток река Чакрым, в бассейне которого располагаются такие большие озера, как Каячек, Эри-коль, Чейбек-коль.

Озеро Каячек (на некоторых картах Узункель) расположено на водораздельной возвышенности, имеющей вид седловины между хребтами Каячек и Каракол. Хребты имеют почти правильное меридиональное направление. Озеро лежит на абсолютной высоте 1953 мэ Его длина 2,6 км, максимальная ширина 900 м. Дно ровное. Рельеф характеризуется довольно быстрым нарастанием глубины, после чего идет ровная котловина плеса, отделенного от соседнего участка озера повышением, занятым каменистой грядой (мореной). Вода имеет желтоватый и желтовато-коричневый цвет. Прозрачность 1,8-2 м. Вода довольно хорошо прогревается. Из озера вытекает река Каячек, являющаяся левым притоком реки Каракол, притоком озера Эри-коль.

Озеро Эри-коль располагается в пределах лесного пояса на абсолютной высоте 1771 м. Длина озера 4 км, максимальная ширина около 700 м. Из озера вытекает река Суу-катар. Вода в озере желтоватого цвета.

В этом же бассейне располагается два крупных озера в бассейне правого притока реки Чакрым - реки Карачет. Это озера Верхний и Нижний Чайбеккель. Первый находится на высоте 2145 м и имеет длину 3,2 км, ширину 800 м. Нижний Чайбеккель располагается на абсолютной высоте 2020 м и имеет длину 3 км, ширину 1 км.