Дата создания: 16 апреля 1932 г.

Международный статус: Территории заповедника входит в состав объекта Всемирного природного наследия ЮНЕСКО «Алтай — золотые горы»

Общая площадь (га): 881238

В т.ч. площадь акватории (га): 11757

Количество участков: 1

Почтовый адрес: 649000, Республика Алтай, г. Горно-Алтайск, пр. Коммунистический, 1

Телефон: (388-22) 66-9-47, 66-9-44

Природная зона:
область высотной поясности
горная тайга
горная тундра

Рельеф: Рельеф территории заповедника представлен возрожденными складчатыми горами. Поднятая на значительную высоту в неоген-четвертичное время территория была разбита вдоль глубинных разломов на систему микроблоков, имеющих различную высоту и конфигурацию. В среднем и позднем плейстоцене территория Северо-Восточного и Восточного Алтая подвергалась оледенению, которое носило здесь покровный характер. Поэтому основу рельефа заповедника составляет ледниковая морфоскульптура. Наиболее интересным объектом рельефа северной части заповедника является долина Телецкого озера. Озеро расположено в глубоком грабене, о чём свидетельствует его большая глубина (325 м), и скальные уступы в нижней части бортов, часто отвесно обрывающихся к воде. Абсолютная отметка уреза воды — 434 м. Наиболее крупные его притоки Камга, Кыга и Чулышман имеют долины грабенного типа. Русла менее крупных рек расположены в глубоких ущельях и часто спускаются к озеру каскадами водопадов. Окружающие долину озёра горы возвышаются над ней до 2359 м над ур. м. В отдельных местах над водой поднимаются структурно-аккумулятивные террасы. С восточной стороны бассейна Телецкого озера протянулся Абаканский хребет, являющийся водоразделом с бассейном р. Енисей. Максимальная абсолютная отметка вершин составляет 2841 м (г. Садонская), а относительная высота — до 1000 м. Хребты поднимаются выше границы леса и имеют альпийский облик. Чулышманское нагорье представляет систему блоков, состоящих из среднегорно-высокогорных плоскогорий и возвышающихся над ними отдельных альпийских массивов. В междуречье Чульчи и Шавлы, в западной части расположен высокогорный массив Куркуре. Это альпийский хребет, главный гребень которого резко возвышается над прилегающими долинами рек и плоскогорьями. Его максимальная абсолютная отметка — 3111 м (г. Куркуребажи). Относительная высота над дном долины р. Чулышман — около 2300 м. Верховье р. Чулышман и долина р. Богояш образуют широкую межгорную котловину. Абсолютные высоты дна котловины составляют 2100-2300 м. Шапшальский хребет, являющийся водоразделом с бассейном р. Енисей, протянулся от верховий р. Чульча до оз. Джулукуль в южной части заповедника. Это самая высокая горная система. Максимальной высоты хр. Шапшальский достигает в его южной части с отметкой 3504 м над ур. м. Относительная высота главного гребня над дном Джулукульской котловины — около 1300 м. Хребет имеет ярко выраженным ледниковые формы, это самый сейсмичный район заповедника. Склоны гор здесь покрывают многочисленные осыпи, часто встречаются следы грандиозных обвалов. С юга бассейн р. Богояш окаймляют северные отроги хр. Чихачёва. Максимальная абсолютная отметка вершин здесь составляет 3054 м. (г. Башкаус). Большой интерес в геоморфологическом и ландшафтном отношении представляет долина р. Чулышман. Это глубокая грабен-троговая долина. Для неё характерны крутые, часто отвесные скалистые склоны, покрытые шлейфами осыпей и опустыненный характер в основном степных и лесостепных ландшафтов, резко контрастирующих с окружающими долину таёжными районами.

Климат: Климат территории заповедника относится к континентальному (положение в центре Евроазиатского материка.), и это также климат гор (местоположение в среднегорно-высокогорной зоне Алтайской горной системы). Климат формируется при взаимодействии циклонической циркуляции западного переноса, азиатского антициклона и арктических воздушных масс. Второй фактор определяет высотную зональность климата и большое многообразие микроклиматических условий. Большую роль в формировании климатических условий играет специфика рельефа отдельных районов. Поэтому климат различных районов имеет различные характеристики.
1. Долина Телецкого озера и р. Чулышман — территория расположена в нижнем поясе гор и характеризуется пестротой микроклиматических условий. Это связано с расположением глубокой, защищённой горами долины. Лето здесь сравнительно короткое, с большим дефицитом тепла, количество которого несколько возрастает в южной части долины. Количество осадков в северной части значительное, а к долине р. Чулышман оно резко убывает и для неё характерны аридные условия. Зима в долине озера, по сравнению с окружающими территориями, мягкая, что связано с влиянием азиатского антициклона, формирующего утепляющий эффект фёнов ( «верховки»).
2.Среднегорная таежная зона расположена в интервале абсолютных высот 850-1700 м. Для этого яруса гор характерны мезо-климатические условия. Температурный режим здесь, хотя и более суровый, по сравнению с низкогорьем, но более ровный в течение года. Для тёплого периода обычны температуры от 5 град. C до 25 град. C. Зима более суровая, чем в нижнем ярусе гор. Снежный покров устанавливается обычно в конце октября и сходит к концу мая.
3. Высокие плоскогорья и межгорные котловины расположены в интервале высот 1800-2400м над ур. м. Климат этой зоны резко континентальный. Летний (вегетационный) период очень короткий и холодный, с колебанием температуры воздуха от -2 град. C до +20 град. C. Здесь обычны ночные заморозки в любой месяц тёплого периода и возможно выпадение снега. Количество осадков убывает с севера на юг. Зима продолжительная и суровая, с морозами от 15 до 30 град. C. Снежный покров устанавливается обычно в сентябре — октябре и сходит к середине — концу июня.
Альпийские высокогорья. К этой зоне принадлежит наиболее высокие участки субнивального пояса хребтов и массивов. Интервал высот 2500 — 3500 м над ур. м. Климат здесь суровый. В короткий тёплый период почти постоянны ночные заморозки, часто выпадает снег. Дневные температуры в это время достигают 10 град. C — 15 град. C. Зима сильно морозная. Снежный покров залегает с августа — сентября до середины июля. Обычны многолетние снежники, встречаются небольшие ледники.

Водоёмы: В гидрографическом отношении территория заповедника полностью принадлежит к бассейну р. Оби и характеризуется густой гидрографической сетью (1, 5 — 2 км/к м²). Водопокрытая площадь заповедника составляет 3, 2% территории. Заповедник расположен в бассейнах Телецкого озера и его главного притока р. Чулышман. Наиболее крупные реки: Камга, Кокши, Кыга, Чулышман, Кайру, Чульча, Куркуре, Шавла, Нижний Кулаш, Узуноюк, Тустуоюк, Макату, Богояш, Уанду, Каракем. Все реки заповедника горного типа — высокая скорость течения (2 — 5 м/с), большое количество порогов, перекатов и водопадов. Более десятка рек имеют водопады высотой от 6 до 60 м, а один из самых живописных водоскатов находится на реке Чульча — водопад «Учар» высотой 150 м. В заповеднике находится более 1300 озёр. Практически все они относятся к высокогорным и имеют различное происхождение. Самые крупные из них — оз. Телецкое и высокогорное оз. Джулукуль (высота над ур. м. 2200).

Почвы: Почвенный покров характеризуется широтной и высотной зональностью. В заповеднике отмечены следующие типы почв: горные-лесные (обычно оподзоленные) на лесопокрытой площади и горно-тундровые в высокогорных областях заповедника, очень небольшую часть занимают горно-луговые под лесными и субальпийскими лугами и черноземовидные почвы под степными сообществами.

Число зарегистрированных видов:
грибы — 127
водоросли — 500
лишайники — 263
мхи — 600
плауновидные — 9
папортниковидные — 35
хвощевидные — 9
голосеменные — 11
покрытосеменные — 1340
рыбы — 19
земноводные — 3
пресмыкающиеся — 6
птицы — 331
млекопитающие — 66

Флора и растительность: Растительность заповедника представлена несколькими типами сообществ — это леса, высокогорные тундры, луга, болота и степи. Многообразие в растительном покрове определяется как высотной поясностью так и богатой флорой. В заповеднике можно выделить несколько типов леса. Мелколиственные и смешанные леса — это так называемые вторичные леса, возникшие на месте коренного типа леса, который был уничтожен в результате разрушающих внешних факторов, таких как хозяйственная деятельность человека, сильный пожар, сход лавины (сели) и др. В заповеднике они встречаются, в основном, по Прителецким склонам, на местах активной хозяйственной деятельности человека, и редко в южных частях. Это такие породы как береза и осина. Подлесок представлен различными видами кустарников — спиреи (таволги), караганы (акация), рябины. По долинам рек в Прителецкой части встречаются пойменные ольшаники с низким и разреженным травяным покровом. Кроме мелколиственных лесов к вторичным типам леса относятся и смешанные леса из мелколиственных и хвойных пород деревьев. Травянистый покров развит хорошо, представлен обычно разнотравьем, но встречаются смешанные леса с доминированием в травянистом ярусе определенного вида или рода — папоротников (обычно орляк), бадана, злаков. На заповедной территории отдельные массивы сосняков отмечены на восточном и северном побережье Телецкого озера, по долинам рек Кыга, Шавла, и некоторых притоках Чулышмана. Обычно занимают конуса выноса более менее крупных рек. Подрост представлен разными видами кустарников, часто маральником (рододендрон даурский). Есть сосняки беломошники с развитым напочвенным покровом из кустистых лишайников. Лиственничники обычно относятся к лесам паркового типа. В заповеднике они встречаются островными насаждениями в Прителецкой части и по склонам Чулышманской долины, но наиболее распространены в центральной и южной частях заповедника. Это долины правых притоков Чулышмана, в частности Чульчи и Шавлы. Подлесок может быть из жимолости, но преобладает ерник. Травянистые формы встречаются в небольшом количестве и редко. Пихтачи в заповеднике представлены только в его северной Прителецкой части заповедника, и небольшими насаждениями в бассейне р. Шавлы. Подлесок разнообразный, но негустой. Травянистый покров часто с папоротниковыми зарослями, встречается черника, злаки. Среди пихтача часто встречаются заболоченные ложбины со значительным участием сфагнового мха, хорошо развитым травянистым покровом и отсутствием древесного яруса. Кедровники встречаются практически во всех частях заповедника кроме юга Джулукульской котловины. По характеру подлеска и травянистого покрова выделяют следующие типы кедровых лесов: зеленомошные, травяные (папоротниковые, вейниковые, бадановые и разнотравные), долгомошные ерниковые, горно-луговые и лишайниковые. Долгомошные кедрачи встречаются в основном в верхнем поясе гор (1500 — 2000 м). Ель сибирская довольно редко образует чистые насаждения на территории заповедника. Такие леса встречаются на Чулышманском плоскогорье по берегам рек и сфагновым болотам. В подлеске обычно представлены ива, карагана (акация), жимолость, маральник. В травянистом ярусе преобладает брусника. Смешанные леса из кедра и пихты встречаются только в Прителецкой части, обычно в нижней части гор, возможны небольшие участки этого леса в бассейне р. Шавлы. Еще один тип смешанного леса сформирован кедром и лиственницей. Встречается этот тип леса в основном в верхне-лесном поясе гор (1500 — 2000 м), в центральной и южной частях заповедника. Эти леса можно разделить на следующие группы: лишайниковые, травянистые, зеленомошные, долгомошные. Подлесок формирует березка круглолистная (ерник), травянисто-кустарничковый ярус из брусники и/или голубики. Лесообразующие породы следующего типа леса представлены елью, кедром и лиственницой. Обычно такие леса не занимают больших пространств и являются переходными типами леса. Так же как и вышеперечисленные леса, они делятся на определенные типы: зеленомошные, долгомошные и травяные.
Луговой тип растительности заповедника в отдельный пояс не выделяется и разделяется на следующие типы. Остепненные луга встречаются на восточном берегу Телецкого озера, в бассейне р. Чульчи (особенно по р. Яхонсору и р. Сурьяза и в урочище Кумырсхалу), вдоль Шавлы, Чулышмана и в некоторых других местах. Эти луга характеризуются большим количеством злаков и средней высотой травостоя, не более 60 см. Приурочены к более менее сухим местообитаниями, чаще по склонам южной экспозиции. Лесные луга встречаются в лесном поясе, среди леса, вдоль ручьев и рек. Эти луга сложены обычно видами высоко- и широкотравья. Характеризуются высоким и густым травостоем, при высоте до 2, 5 м. В субальпийском поясе луга заповедника играют подчиненную роль, занимая в основном небольшие понижения. Только на отдельных участках Абаканского хребта, верховьев р. Чульчи и правобережья р. Шавлы субальпийские луга представлены на больших площадях. Они характеризуются богатым флористическим составом. К доминирующим видам относится горькуша широколистная, рапонтикум сафлоровидный или маралий корень, чемерица Лобеля, купальница, водосбор, копеечник южносибирский, саянелла странная и др. Субальпийские луга можно разделить на два типа: крупнотравные и низкотравные. На низких субальпийских лугах обычны красивоцветущие виды. Альпийские луга развиваются на седловинах, в ложбинах, у снежников. Доминируют фиалка алтайская, остролодочник алтайский, горечавка купноцветковая, лютик алтайский. Встречаются эти луга в заповеднике довольно редко — на Абаканском хребте, в верховьях Чульчи и Шавлы, рядом со снежниками и ледниками.
Высокогорные тундры занимают большие площади в заповеднике и делятся на определенные типы. Болотисто-ерниковая тундра является самой распространенной группировкой на Чулышманском нагорье. В верхнем ярусе преобладает березка круглолистная (ерник), которая по берегам ручьев уступает первенство ивам и отчасти курильскому чаю. Почва сильно заболоченна. Травянистый покров состоит в основном из осок, злаков, пушицы, горцев и некоторых других. Среди описываемой тундры встречаются травянистые участки, которые в замкнутых понижениях и по берегам озер переходят в травянистые и кочковатые болота с зарослями осоки. Моховой покров обычно не выражен, но могут встречаться отдельные пятна мхов. Лишайниково-ерниковая тундра встречается на каменистых почвах и характеризуется двумя четкими ярусами — кустарниковый (ерник), который состоит из березки круглолистной и ивы; лишайниковый ярус, мощностью до 15 см из кустистых лишайников. Травянистый ярус не выражен, встречаются отдельными экземплярами. Мохово-ерниковая тундра встречается у верхней границы леса. Хорошо развитый ярус из ерника и почти сплошной моховой ковер — главные отличительные признаки этого типа тундры. Видовой состав травянистого яруса очень беден, сам травянистый ярус не очень развит. Кустарничковые тундры характеризуются хорошо развитым ярусом из шпалерных кустарничков — здесь преобладают дриада острозубчатая (куропаточья трава), шикша почти-голарктическая. Кроме того, встречаются небольшое количество трав — злаки, осоки, разнотравье, а также мхи и лишайники. Мохово-лишайниковая тундра приурочена преимущественно к широким открытым долинам истоков, где занимает слегка выпуклые склоны бугров, широкие сухие ложбинки и плосковатые площадки. Щебнисто-лишайниковая тундра встречается на сухих щебнистых склонах, вершинах вторичных хребтов. Основным признаком данного типа тундры каменистость, кроме того, нет сплошного покрова из трав, кустарников или кустарничков — встречаются только их отдельные экземпляры или небольшие группы. Напочвенный покров сложен лишайниками. В понижениях рельефа часто встречаются небольшие болотца. Каменистая тундра встречается среди крупнощебнистых и мелковалунных россыпях, в трещинах и расщелинах скал. Образуют изолированные пятна растительности из нескольких видов трав — злаки, осоки, альпийские виды, кустарников и/или кустарничков и, кроме того, здесь растут мхи и лишайники. В увлажненных местах развивается почти сплошной ковер их мха, с небольшой примесью трав (обычно осоки или злаки) и кустарников — ивы, ерник. По более сухим местам в сложении покрова начинают доминировать различные травы. Такая тундра встречается высоко в горах.
Болотный тип растительности в заповеднике развит мало. В Прителецкой части болота занимают лишь незначительные участки, и более развиты на правобережье р. Чульчи (особенно в районе оз. Сайгоныш). Болота заповедника можно подразделить на два основных типа. Зеленомошные болота занимают небольшие понижения на склонах, в местах избыточного увлажнения или вдоль рек и ручьев. Характеризуются сплошным моховым покровом из зеленого мха с небольшими примесями осок, или кустарничков — брусники или клюквы. Травянистые болота имеют большее распространение, чем предыдущий тип и характеризуется хорошо развитым травянистым ярусом. Видовой состав трав довольно беден и обычно в таких ценозах доминируют осоки и пушицы с небольшой примесью других видов. Мхи также встречаются, но обычно их проективное покрытие относительно небольшое. Такие болота могут развиваться при зарастании небольших озер, образуя прибрежную полосу болот, которые при приближении к воде превращаются в заросли гидрофитов. Обычно это отдельные виды осок, которые образуют практически чистые заросли. Между этими двумя типами болот могут быть переходные формы. В высокогорьях болота обычно смешаны с болотистой тундрой, от которой отличаются почти полным отсутствием древесных видов, которые могут встречаться только отдельными экземплярами.
Горные степи заповедника занимают отдельные участки в долине Чулышмана и в низовьях его притоков — Кайры, Чульчи, Аксу, Чакрыма, Шавлы и на восточном побережье Телецкого озера. Отличительными признаками можно назвать доминирование в травянистом покрове дерновинных злаков и/или полыней. Делятся на два типа — высокогорные степи в южной высокогорной части, и долинные степи в северной среднегорной части заповедника. Встречаются степи по сухим склонам преимущественно южной экспозиции. В процентном отношении занимают 2% территории.
Несмотря на богатую гидрографическую сеть в заповеднике мало развита водная растительность. Заросли макрофитов в заповедной части Телецкого озера есть в Камгинском и Кыгинском заливах, у мыса Ажи и устья р. Ойор. Они образованы в основном видами из сем. Рдестовые. Представители этого же семейства распространены и в оз. Джулукуль. В небольших озерах в центральной и южной частях заповедника встречаются ежеголовник северный, лютик Гмелина, шелковник водяной, рдест альпийский и др. Вокруг зарастающих небольших озер или разливающихся ручьев, развиваются сообщества гидрофитов. Это так называемая прибрежная или околоводная растительность. Обычно это чистые заросли одного вида или сообщества из 2-х, 3-х видов — осоки, камыш, ежеголовник, лютик. Сообщества гидрофитов также встречаются на галечных отмелях рек.

Фауна и животный мир: Территория заповедника расположена в Алтае — Саянской горной стране и многообразие горных ландшафтов оказало значительное влияние на фаунистическое богатство.
Разнообразие беспозвоночных животных велико и до сих пор ждет своих исследователей.
Относительно подробные сведения имеются о фауне веснянок, стрекоз, поденок, ручейников, чешуекрылых, жесткокрылых, клопов, коллембол.
Рыбы в заповеднике представлены 19 видами, большинство из которых встречается в Телецком озере: щука, окунь, налим, телецкий сиг и др. Наиболее распространенным видом рыб других водоемов заповедника является хариус. Также встречаются таймень, ленок. Сиг Правдина встречается только в Телецком озере.
В настоящее время фауна пресмыкающихся заповедника насчитывает шесть видов: прыткая (Lacerta agilis) и живородящая (Lacerta vivipara) ящерицы, узорчатый полоз (Elaphe dione), обыкновенный щитомордник (Agkistrodon halys), обыкновенная (Vipera berus) и степная (Vipera ursini) гадюки.
Фауна амфибий или земноводных представлена двумя видами: остромордой лягушкой (Rana arvalis), которая обычна в заповеднике, и серой жабой (Bufo bufo), распространение которой в заповеднике ограничено Прителецким районом.
Из 343 видов птиц, отмеченных в Горном Алтае, в Алтайском заповеднике зарегистрирован 331 вид из 19 отрядов. Большую часть (47, 9%) составляют воробьинообразные (159 видов), ржанкообразные (48), соколообразные (30) и гусеобразные (29), на остальные 66 видов из 14 отрядов приходится всего 19, 9%.
Фауна гнездящихся птиц заповедника в настоящий момент насчитывает 177 видов. К категории мигрантов относятся 29 видов, залетных — 60. Зимует — 97, из них 66 видов — оседлые.
В настоящий момент на территории заповедника перестали гнездиться по разным причинам 10 видов птиц. Гуменник Anser fabalis (таежный подвид middendorffii) перестал гнездиться, главным образом, в результате прямого уничтожения. Сейчас в Горном Алтае он гнездится только на плато Укок (Малков, Малков, 1995), то же можно сказать о сапсане Falco peregrinus. Он в настоящее время гнездится на сопредельной территории в долине р. Чулышман (Митрофанов, 1995). Черноголовый хохотун Larus ichthyaetus вытеснен с мест гнездования более пластичными видами (серебристой чайкой Larus argentatus и большим бакланом Phalacrocorax carbo). Черношейная поганка Podiceps nigricollis и луговой чекан Sacxicola rubetra указанные Э.А. Ирисовым (1963), как гнездящиеся в Джулукульской котловине, никем, в дальнейшем там, на гнездовье не найдены. Серая цапля Ardea cinerea, погоныш Porzana porzana, саджа Syrrhaptes paradoxus, малый жаворонок Calandrella cinerea и седоголовая овсянка Emberiza spodocephala исчезли вследствие изъятия их гнездовой территории из состава заповедника и, частично, от увеличившейся к середине столетия антропогенной нагрузки.
Во второй половине ХХ века в списке гнездящихся видов орнитофауны заповедника появилось 40 видов. Для некоторых видов заповедная территория является единственным или основным местом гнездования в Горном Алтае, это чернозобая гагара, большой баклан, лебедь-кликун, горбоносый турпан и орлан-белохвост. К списку видов опубликованных В.А. Стахеевым (2000) добавилось еще 17 видов. Почти все они (кроме сибирской пестрогрудки и северной бормотушки, которые гнездятся) — залетные виды.
Особо нужно отметить расселение по территории заповедника синантропных видов. Их в заповеднике шесть. Два — домовой (Passer domesticus) и полевой (Passer montanus) воробьи сохранили свои гнездовые территории. Последний сократился в числе гнездящихся пар, что связано с общим сокращением посевов зерновых в долине р. Чулышман. Обыкновенный скворец в заповеднике гнездится периодически, используя при этом естественные дупла. Три других вида: сизый голубь, сорока и черная ворона — загнездились в конце 90-х гг. (Митрофанов, 1990). Сизый голубь проник в пос. Яйлю и на к. Язула, а сорока и черная ворона загнездились на Яйлинской террасе и в Джулукульской котловине (2200 м н. у. м.). В настоящее время черная ворона расселилась по всей долине от истока р. Бия до верховьев р. Чулышман, а сорока ограниченно гнездится в окрестностях пос. Яйлю и по островным лиственничным лесам Джулукульской котловины. Увеличение количества синантропных видов в заповеднике вызвано ростом антропогенной нагрузки на сопредельных территориях и приближение окультуренного ландшафта к его границам.
Фауна отряда насекомоядных млекопитающих представлена одиннадцатью видами из 3 семейств. Наиболее обычны и многочисленны: обыкновенная, средняя и равнозубая бурозубки. Очень редка сибирская белозубка и обыкновенный еж (Erinaceus concolor (Martin, 1838), впервые обнаруженный на территории заповедника в 2003 году.
На территории Алтайского государственного природного заповедника достоверно зарегистрировано 8 видов представителей отряда рукокрылых (Chiroptera): водяная ночница Myotis daubentonii (Kuhl, 1817), прудовая ночница Myotis dasycneme (Boie, 1825), ночница Брандта или лесная ночница Myotis brandti (Eversmann, 1845), северный кожанок Eptisicus nilssoni (Keyserling et Blasius, 1839), рыжая вечерница Nyctalis noctula (Schreber, 1774), бурый ушан Plecotus auritus (Linnaeus, 1758), большой трубконос Murina leucogaster (Milne-Edwards, 1872), ночница Иконникова Myotis iconnikovi (Ognev, 1912).
Все эти виды занесены в Красную Книгу Республики Алтай (1996).
Отряд зайцеобразные представлен двумя видами: заяц-беляк и алтайская пищуха. Заяц-беляк встречается практически по всему заповеднику, но не достигает высокой численности. Алтайская пищуха или сеноставка встречается в горных ландшафтах.
Наиболее многочисленными, как по численности, так и по числу видов (24 вида), являются представители отряда грызунов. На территории заповеднике отмечено 17 видов мышевидных грызунов, по численности и биотопическому распределению преобладают лесные полевки. Характерными обитателями тайги являются обыкновенная белка и азиатский бурундук. В Прителецкой части заповедника встречается летяга. Более крупные представители отряда грызунов, к которым можно отнести серого сурка и длиннохвостого суслика встречаются только в южной части заповедника. Только в Прителецкой части АГПЗ можно встретить немногочисленного здесь обыкновенного бобра и ондатру.
Из отряда хищных млекопитающих в заповеднике обычны волк, лисица, бурый медведь.
Имеет место усиление влияния хищнической деятельности волка на популяции копытных, в первую очередь марала.
Из 10 видов семейства куньих, пожалуй, только соболь является одним из основных фоновых видов. Распределение соболя по территории заповедника тесно связано с распространением кедра, орехи которого занимают значительное месть в его питании, независимо от обилия других кормов, в первую очередь мелких млекопитающих. Мелкие куньи, к которым можно отнести ласку, колонка, горностая не многочисленны. В последние два десятилетия прослеживается устойчивое снижение численности норки и выдры на территории заповедника. Если для норки это пока только тенденция, то выдра близка к полному исчезновению с территории заповедника. Такие крупные виды куньих, как росомаха и барсук, тоже немногочисленны в заповеднике, но это связано с особенностями их биологии. Семейство кошачьих представлено в заповеднике двумя видами: рысь и снежный барс. Последний очень редок в заповеднике, обитает высоко в горах, питается, в основном, сибирскими козлами (бунами). Снежный барс занесен в Красные книги МСОП, России (2001), Республики Алтай (1996). Копытные звери представлены в заповеднике маралом, косулей, лосем и лесным северным оленем. Марал является наиболее многочисленным видом из выше перечисленных. Сравнительно малочисленна в заповеднике косуля. Лесной северный олень очень редок. В лесной части заповедника обычна сибирская кабарга. На горных массивах заповедника нередко можно встретить сибирского горного козла. В южной части заповедника и на сопредельной территории обитают алтайские горные бараны (аргали). Их осталось несколько десятков голов в результате хищнического истребления на сопредельной территории. Этот вид, также как и снежный барс, занесен в Красные книги МСОП, России (2001), Республики Алтай (1996). Около 35 лет назад на территорию заповедника из Тувы проник кабан. В настоящее время он довольно широко расселился по территории, успешно размножаясь и увеличивая численность.

Виды, включённые в Красную книгу РФ:

грибы
Сетконоска сдвоенная / Dictiophora duplicata

лишайники
Лобария легочная / Lobaria pulmonaria
Лобария сетчатая / Lobaria retigera
Стикта окаймленная / Sticta limbata

мхи
Кампилиум Крылова / Campylium krylovii
Лептоптеригинандрум южно-альпийский / Leptopterigynandrum austro-alpninum

плауновидные
Полушник озерный / Isoetes lacustris

покрытосеменные
Борец ненайденный / Aconitum decipiens
Борец Паско / Aconitum paskoi
Венерин башмачок крупноцветковый / Cypripedium macranthon
Венерин башмачок настоящий / Cypripedium calceolus
Володушка Мартьянова / Bupleurum martjanovii
Дендрантема выемчатолистная / Dendranthema sinuatum
Живокость укокская / Delphinium ukokense
Кандык сибирский / Erythronium sibiricum
Ковыль Залесского / Stipa zalesskii
Ковыль перистый / Stipa pennata
Липарис Лёзеля / Liparis loeselii
Лук алтайский / Allium altaicum
Надбородник безлистный / Epipogium aphyllum
Неоттианте клобучковая / Neottianthe cucullata
Осока рыхлая / Carex laxa